Mục tiêu lập quy hoạch nhằm cụ thể hóa chủ trương, đường lối của đảng, chính sách, pháp luật của nhà nước về định hướng phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; kết nối các ngành, các vùng có liên quan theo quy hoạch tổng thể quốc gia. bên cạnh đó, hình thành mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập theo hướng mở, linh hoạt, có quy mô và cơ cấu hợp lý, đáp ứng mục tiêu đẩy mạnh toàn diện, đồng bộ công cuộc đổi mới, công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Đồng thời, lập quy hoạch làm cơ sở để xây dựng kế hoạch đầu tư công trung hạn trên địa bàn cả nước thuộc lĩnh vực khoa học và công nghệ, bảo đảm tính khách quan, khoa học, công khai, minh bạch và hiệu quả; là cơ sở huy động nguồn lực của cộng đồng, xã hội phát triển mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ; hướng tới mục tiêu tự chủ hoàn toàn của các tổ chức khoa học và công nghệ công lập.
Theo quyết định trên, nội dung lập quy hoạch thực hiện theo quy định tại luật quy hoạch và nghị định số 37/2019/nđ-cp ngày 7/5/2019 của chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của luật quy hoạch, gồm các nội dung chủ yếu: phân tích, đánh giá yếu tố, điều kiện tự nhiên, nguồn lực, bối cảnh và thực trạng phân bổ, sử dụng không gian của mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ trên phạm vi cả nước; dự báo xu thế phát triển và xây dựng các kịch bản phát triển ảnh hưởng trực tiếp đến kết cấu mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập trong thời kỳ quy hoạch.
Cùng với đó, đánh giá về liên kết ngành, liên kết vùng trong việc phát triển mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập; xác định yêu cầu của phát triển kinh tế - xã hội đối với lĩnh vực khoa học và công nghệ; những cơ hội và thách thức đối với quy hoạch mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập; xác định các quan điểm, mục tiêu và nguyên tắc phát triển mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập trong thời kỳ quy hoạch; phương án phát triển mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập trên phạm vi cả nước và các vùng lãnh thổ; danh mục dự án quan trọng quốc gia, dự án ưu tiên đầu tư của ngành và thứ tự ưu tiên thực hiện trong hệ thống tổ chức khoa học và công nghệ công lập.